Não existe cálculo de rescisão para autônomo, dessa forma será necessário inativar o cadastro para gerar o evento S-2399 de desligamento.
Acesse a rotina "Módulos> Autônomos> Cadastro> Cadastro de Autônomos", desabilite a opção "Ativo" e clique em "Gravar".

O evento s-2399 de término será enviado sem as verbas pagas/descontadas no respectivo mês. O evento será gerado somente quando da obrigatoriedade dos arquivos periódicos. Acompanhe o envio do desligamento através da rotina "eSocial > Transmissão de Não Periódicos e Tabelas".
Observação:
O sistema da IOB optou por não realizar o envio do S-2300/ S-2399 das categorias eSocial não obrigadas dos autônomos, pois muitos desses cadastros estão desatualizados nas bases dos clientes, sendo que são exigidas diversas informações para envio desse evento e muitas vezes o escritório não tem, pois esse tipo de prestação de serviços não necessariamente ocorre todos os meses, sendo esporádico.
É por isso que o eSocial não obriga ao envio do evento S-2300/ S-2399 das categorias cuja natureza da prestação de serviços é esporádica.
Logo, somente as categorias de Autônomos que irão gerar S-2300 e posteriormente S-2399 são as: 731, 734, 738 e 902.
Porém, mesmo sem o envio do S-2300 o cliente pode gerar RPA e essas informações serão geradas nos eventos periódicos sem problemas, pois as informações de remuneração e pagamento independem de existir o envio prévio do S-2300 dessas categorias não obrigatórias.