No "Menu Relatórios > Relatório Gerencial", ao gerar este relatório, são considerados todos os documentos fiscais em que a empresa participou da operação (conforme o filtro), seja como: emitente, destinatária, ou autorizada a baixar o xml, no caso de NF-e. E no caso de CT-e, se a empresa é emitente, remetente, destinatária ou tomadora do serviço de transporte.
Atenção: Nem todos os documentos baixados devem ser escriturados no sistema fiscal.
Por isso, caso o relatório apresente informações divergentes com o que deve ser escriturado, é porque ele está trazendo na relação, todos os documentos.
Antes de gerar o Relatório Gerencial, habilite o check box: "Considerar apenas NFe/CTe que a empresa é emitente, destinatária ou tomadora (CTe)", conforme exemplo abaixo:
Quando esta opção estiver selecionada na geração do relatório, ele irá demonstrar somente as NF-e's que a empresa pesquisada é emitente ou destinatária, e se for CT-e, a empresa deve ser emitente ou tomadora do serviço de transporte.
Outras operações devem ser desconsideradas como por exemplo: NF-e que a empresa é transportadora, ou então o CNPJ consta na tag AUTXML, e no caso de CT-e não considerar se a empresa for por exemplo: Remetente ou Destinatária.