Em "Cadastros > Genéricos > Natureza da Operação", informe o CFOP e clique em Incidências.
Selecione a variação que está sendo utilizada e no campo da Tributação pelo Simples Nacional informe a opção 4 – Serviços de Transporte de Cargas.
Em "Lançamentos > Conhecimento de frete", selecione a CT-e.
Para que o valor "Com ST/Isenção do ICMS" apareça na aba Simples Nacional é necessário que haja destaque de valor no "Valor com ST" na aba Nota.
Após gravar os lançamentos, realize a apuração em "Tributos > Apuração Mensal", ao apresentar a mensagem 'Deseja realizar a integração com o PGDAS', clique em 'Sim' e será demonstrado os valores, conforme abaixo: