Para a Retificação do Arquivo Digital SPED ECF, deverá acessar o "Módulos > SPED > Escrituração Contábil Fiscal > Parâmetros da ECF > Aba Identificação".
Habilite a opção "Escrituração Retificadora" e insira o "Número do Recibo de Entrega da Escrituração ECF Original (Anterior)".

Dica: O HASH da Escrituração Retificadora é composto, por 40 dígitos, sendo letras e números.
PASSO 2
Após efetuar as alterações necessárias, basta gerar um novo Arquivo da ECF Substituta, por "Módulos > SPED > Escrituração Contábil Fiscal > Geração do Arquivo da ECF":

Clique em "Validar" para conferir se falta parametrizar algo, depois em "OK", e realize a geração de um novo arquivo, para ser validador no PGE.